国家杨凌农业综合试验工程技术研究中心1991年由原武功农业科研中心协调委员会申请立项，1992年国家科技部批准成立，主管部门为陕西省人民政府。2011年中心以西北农林科技大学为技术依托单位顺利通过科技部评估验收。2013年，根据《科技部关于同意国家杨凌农业综合试验工程技术研究中心等3个国家工程技术研究中心变更依托单位的批复》精神，国家杨凌农业综合试验工程技术研究中心的依托单位由杨凌农业高新技术产业示范区变更为西北农林科技大学。
国家杨凌农业综合试验工程技术研究中心以西北农林科技大学食品科学与工程学院、园艺学院为技术依托单位，以西北特色农产品的安全、营养、功能为核心，以标准化农艺工程、设施园艺工程、农产品质量安全工程和农产品功能化循环加工工程为手段，系统构建西北特色农产品营养功能化循环加工工程技术平台、农产品质量安全检测、监测、评价、控制技术平台，构筑面向西北特色农产品生产企业集群服务的绿色安全保护屏障。
自成立以来，国家杨凌农业综合试验工程技术研究中心结合杨凌地区的农业科技优势和特点，坚持以农业科技产业示范为重点，在杂交小麦研究、生物农药工程技术开发、家畜良种繁育技术开发研究以及生物技术开发研究与产业示范等方面，开展了一系列工程化、产业化配套技术研究开发与示范推广工作，取得了一批科研成果，培养了一批农业工程化技术研究与开发人才，具备了面向市场、实行科技经济一体化发展的工程化研究开发能力。
国家杨凌农业综合试验工程技术研究中心“十五”以来，共承担国家、省部等科技项目28项，委托项目及其他项目52项，取得科技成果29项，转化科技成果16项，示范推广科技成果9项，建立产业示范企业5家，建设产业示范及推广基地8个，总收入2.3亿多元，获利税3000多万元，同时带动农民增收约3亿元，总社会效益15亿元以上。
国家杨凌农业综合试验工程技术研究中心在科研合作与交流方面，先后与美国、德国、法国、加拿大等国的科研机构或公司建立了协作关系，开展长期的协作攻关研究，加快了研究进展，取得了显著成效。
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